Categoria: Diagnóstico

  • Teste com saliva pode ser alternativa mais rápida e simples para Covid-19

    Por João Pedro Broday

    Em agosto, o Brasil já acumula mais de 3 milhões de casos confirmados de Covid-19, sendo a grande maioria na região Sudeste. Todavia, persiste a alta subnotificação, visto que a testagem em massa não está sendo feita como recomendado pela Organização Mundial da Saúde (OMS).

    Nesse cenário, um estudo realizado por Andrés Melián-Rivas e colegas, publicado na revista científica International Journal of Odontostomatology, demonstra a viabilidade da saliva como base biológica para a análise do paciente. Além da coleta de saliva ser mais simples e indolor, propicia agilidade na testagem. 

    “A saliva desempenha um papel fundamental na transmissão do Covid-19 na população. De fato, estudos atuais têm demonstrado que a saliva pode ser uma alternativa não invasiva validada para diagnosticar e monitorar a carga viral de SARS-CoV-2, fornecendo uma plataforma econômica e conveniente”, afirmam os autores ligados à Universidade do Chile e ao Hospital San Juan de Dios.

    A viabilidade deste tipo de amostragem já foi estudada em Hong Kong, onde foi possível encontrar marcadores da doença em 11 de 12 pacientes que tiveram saliva coleta e depois analisada via RT-PCR.

    Testagem atual provoca desconforto

    O novo coronavírus pode ser transmitido através de gotículas de saliva que são expelidas pelo trato respiratório, por isso os testes de detecção incluem coleta de amostra na garganta e nariz.

    Assim, os métodos atuais de detecção do vírus causadora da Covid-19 são baseados na análise molecular via RT-PCR de amostras coletadas via cotonetes nasofaríngeos ou orofaríngeos do trato respiratório. Mas este método tem desvantagens. “Apesar de eficazes, são métodos dolorosos e desconfortáveis para o paciente, podem causar complicações durante a amostragem, como hematomas, erosão mucosa e sangramento”, ponderam os pesquisadores.

    O método de análise RT-PCR usaria a saliva como fonte biológica
    para detecção da Covid-19. Crédito:Flickr 

    Em muitos casos, mais de uma amostra é necessária para a conclusão efetiva de um teste. Isso significa mais de uma coleta de amostra biológica, tornando o uso dos cotonetes nasofaríngeos algo doloroso e de risco de contaminação para os profissionais da saúde, visto a proximidade com um paciente potencialmente infectado. Por outro lado, a saliva pode ser obtida de maneira rápida e indolor.

    De acordo com os pesquisadores, “as amostras de saliva podem ser facilmente fornecidas pedindo aos pacientes que cuspam em uma garrafa estéril; na verdade, existem muitos dispositivos de coleta de saliva disponíveis no mercado para coleta segura e estéril sem comprometer a qualidade e quantidade”. Essa facilidade diminuiria os riscos de contaminação, bem como aceleraria a coleta, que poderia ser feita fora de grandes centros de testagem, aumentando a testagem e evitando a subnotificação da doença. 

    Leia artigo em acesso aberto:

    Este texto foi escrito originalmente no Blog Ciência em Revista

    Outros textos no Especial

    Diagnóstico por RT-qPCR, o que é isso?

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    Os argumentos expressos nos posts deste especial são dos pesquisadores, produzidos a partir de seus campos de pesquisa científica e atuação profissional. O artigo foi revisado por pares da mesma área técnica-científica da Unicamp. Não, necessariamente, representam a visão da Unicamp. Essas opiniões não substituem conselhos médicos.

  • Podemos comparar estas duas cidades? Exercícios complexos para uma pergunta simples (parte 3)

    No dia 26 de maio me perguntaram sobre a relação entre os casos confirmados e quantidade de óbitos de duas cidades, Porto Alegre e Hong Kong. A ideia geral da pergunta era: estes números são semelhantes?

    Ao tentar responder a pessoa ao que parecia uma pergunta simples, me vi envolta a inúmeras questões importantes sobre todo o fenômeno da COVID-19 e o quanto, também, temos apresentado dados sem que necessariamente as pessoas saibam não apenas receber a informação, mas questioná-las e compreendê-las de maneira menos apressada. 

    A pergunta gerou uma pesquisa que foi se estendendo, se estendendo e cá estamos, no segundo texto da série!

    O primeiro texto pode ser lido aqui. Em resumo, no dia 26 de maio, Porto Alegre tinha 1049 casos confirmados e 32 óbitos. Hong Kong tinha 1066 casos confirmados e 4 óbitos. No primeiro texto, eu busquei analisar algumas questões relacionadas à população total das duas cidades e, também, densidade populacional. No segundo texto, que pode ser lido aqui, eu fiz uma comparação com as datas de 26 de maio e 09 de Junho, mostrando as diferenças entre os números neste meio tempo.

    A outra questão que surgiu ao longo deste debate é sobre a subnotificação e as testagens, que é o que eu discuto hoje!

    Antes de falar dos testes

    Apenas para atualizar os dados das duas cidades

    Porto Alegre

    • 01 de Julho: 3.624 casos confirmados; 1.309 casos recuperados; 94 óbitos; 8.971 casos em análise.
    • 09 de Junho: 1.712 casos confirmados, 45 óbitos, 619 casos recuperados e 4.753 casos suspeitos em análise (aguardando o resultado).

    Hong Kong

    • 01 de Julho: 1.243 casos confirmados; 117 casos ativos; 1.120 casos recuperados; 07 óbitos;
    • 09 de Junho: 1.108 casos confirmados da doença, segue com 4 óbitos, 55 casos ativos (3 destes em estado crítico) e 1049 recuperados.

    Agora vamos à questão dos testes…

    E em que a quantidade de testes nos ajuda?

    Basicamente, testar em massa nos possibilita não apenas aferir quem está doente em situação grave ou gravíssima. Os testes em massa, mesmo em casos em que as pessoas apresentam sintomas muito leves da doença, nos dá condições para um manejo muito mais eficaz da doença e dos doentes.

    Se temos sintomas leves e temos a confirmação, podemos rastrear nossos contatos, testar estas pessoas e sinalizar a necessidade de isolamento (nosso e das pessoas ao nosso redor) até que a fase infecciosa da doença acabe. Podemos compreender melhor a quantidade de pessoas que já foi infectada em nosso município, possibilitando analisar com mais precisão quantos recuperados já temos e a segurança para flexibilizarmos os distanciamentos sociais e de que forma retomaríamos a vida em nosso espaço urbano.

    Além disso, conhecendo melhor a quantidade de infectados – doentes leves, moderados, graves e críticos – poderíamos nos planejar melhor em relação às compras e instalações de equipamentos hospitalares, leitos, contratações de profissionais de saúde em modo emergencial, etc.

    E estes dados são suficientes?

    Bom, eu achei prudente também olhar outros dados, uma vez que muito têm se falado sobre a subnotificação aqui no Brasil. A subnotificação se dá, entre outras coisas, pela quantidade de testes feitos na população. Quanto mais testes fazemos, mais conhecemos realmente quantas pessoas foram infectadas, e conseguimos rastrear melhor os lugares em que a infecção está mais presente, para propor um distanciamento social mais eficaz, correto?

    Eu não achei as testagens totais feitas em Porto Alegre, então eu analisei a partir da média de testes populacionais no Brasil. Como Hong Kong é uma “cidade-estado” estes números absolutos estão nos registros oficiais mundiais. Vale a pena observar que eu consegui apurar estes dados hoje (9 de Junho de 2020) e é a partir deles que eu vou fazer a próxima análise (como se fosse equivalente aos dias anteriores). Vamos dar uma olhadinha nestes números:

    • Hong Kong estava com uma média de 27.082 testes para cada 1 milhão de habitantes no dia 09 de Junho; no dia 01 de julho apresenta uma média de 42.883 para cada 1 milhão de habitantes e fez um total de 321.498 de testes no país;
    • O Brasil estava com uma média de  4.706 para cada 1 milhão de habitantes no dia 09 de Junho; agora apresenta uma média de 15.184 para cada 1 milhão de habitantes e fez um total de 3.227.591 de testes no país.

    Como eu não encontrei o número exato de testes realizados em Porto Alegre (várias cidades não apresentam estes dados, ou não são fáceis de serem encontrados), eu vou supor que obteremos o total de testes diagnósticos feitos na cidade de Porto Alegre somando-se a quantidade de negativos, positivos e em análise.

    Ao analisar o Boletim Epidemiológico de Porto Alegre lançado no dia 26 de maio de 2020, havia registrado um total de 4.105 testes (casos confirmados + casos negativos), enquanto ainda estavam em análise 2743 casos, totalizando 6.848 testes diagnósticos no dia 26 de maio

    Se olharmos o Boletim Epidemiológico de Porto Alegre, lançado no dia 09 de Junho de 2020, observamos os seguintes números: 1.712 casos confirmados; 4.753 casos em análise e 4.614 casos negativos, isto somado teríamos o total de 11.079 testes realizados desde o início da pandemia no dia 09 de Junho.

    Já o Boletim Epidemiológico de Porto Alegre, lançado no dia 02 de Julho de 2020 há um total de 16.410 testes (3.624 confirmados + 12.786 negativos), enquanto ainda estão em análise 8.971, totalizando 25.381 testes diagnósticos no dia 01 de Julho de 20220.

    Hong Kong fez o total de 202.930 de testes diagnósticos até o dia 09 de Junho, o que nos dava uma quantidade de testes 18,31 maior. No dia 01 de Julho, a cidade completou o número de 321.498 testes diagnósticos totais, o que relacionado à Porto Alegre nos dá uma quantidade de testes 29,02 maior.

    Se formos fazer relativo à quantidade de testes por 1 milhão de habitantes (que é a comparação padrão internacional), Hong Kong neste momento está com 42.883 e Porto Alegre com 7.467 testes. Neste sentido, Hong Kong está fazendo 5,74 mais testes por milhão de habitante do que Porto Alegre.

    E a subnotificação?

    O Ministério da Saúde divulgou, no dia 24 de Junho, que os casos suspeitos com sintomas leves começariam a ser testados no SUS. Pois bem, há muito se fala sobre a questão da subnotificação. Um dos dados acerca disto é, exatamente, a falta de testagens em massa na população – ainda estamos longe disto. No mundo, relativamente a testagens por milhão, estamos em 112º lugar. 

    Em artigo publicado dia 24 de Junho, os pesquisadores apontam uma notificação em 9,2% dos casos no Brasil. Neste sentido, o nosso número atual de 1,456,969 de casos, se corrigido seria cerca de 15.836.619 pessoas contaminadas (no Brasil). Outro dado que indica que estamos subnotificando são os casos de Síndrome Gripal e Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG).

    Em Porto Alegre, temos registrados em Pronto Atendimento, em Junho de 2018 um total de 261 casos de Síndrome Gripal. Este número em 2020 foi de 1.274 casos registrados (4,88 vezes mais casos do que dois anos antes). Em Unidades de Atenção Primária temos 289 casos em junho de 2018 e 2.141 casos em junho de 2020 (7,41 vezes mais casos em 2020).

    Se olharmos os números no Brasil, o Painel Coronavírus do Ministério da Saúde aponta este comparativo

    Gráfico retirado do Painel Coronavírus do Ministério da Saúde, no dia 02 de Julho de 2020.

    A SRAG tem sido apontada como um importante indicador de subnotificação por diversos centros de pesquisa, cientistas e divulgadores de ciência (eu mesma já falei sobre isto neste texto aqui). 

    Finalizando…

    Não há muito o que falar sobre a abertura de espaços comerciais, tanto em Porto Alegre, quanto em outras capitais do país. Ao que parece, os planos de abertura estão em andamento com os casos subindo, óbitos batendo recordes e uma alarmante subnotificação ainda presente. As políticas públicas que poderiam estancar a reabertura seguem a passos lentos (quase parados) e a pressão de grandes empreendimentos parece ser maior do que um conjunto de análises científicas em meio à grave crise sanitária. 

    Ainda estamos longe de superar a crise sanitária e de mortes e estamos longe de alcançar um bom plano de abertura, especialmente enquanto a quantidade de testes esteja tão baixa e a subnotificação siga tão presente em nosso cotidiano.

    Mais do que traçar planos sobre a volta às atividades presenciais, deveríamos estar debatendo seriamente planos de manutenção da vida e minimizações de desigualdades sociais que só se acentuam nestes momentos.

    Todavia, esta pauta é de uma vida inteira – e não apenas desta crise sanitária – e ainda temos muito o que fazer, lutar, trabalhar, para as novas distopias, não tão árduas como as que estamos passando agora. 

    😉 Contamos com vocês, inclusive. 

    Encerro estes conjuntos de postagens comparando duas cidades…

    Inúmeras questões foram se abrindo com estas 3 postagens que fiz, comparando Porto Alegre e Hong Kong. Agradeço imensamente às revisões, questionamentos e inquietações que provocaram e a possibilidade de entender mais sobre aspectos que pareciam simples. Ainda há muito o que estudar, em breve apresentarei estas outras arestas que foram se fazendo contundentes ao longo da escrita destas postagens…

    Para escrever este texto, assim como o primeiro, eu contei com a leitura, revisão e boas conversas com uma galera da Divulgação Científica e da Unicamp, que eu faço questão de agradecer aqui:Marco Henrique, do blog zero (que além da revisão e das mil ideias, fez as imagens e corrigiu todos os cálculos! hehehe), o Samir Elian, do blog Meio de Cultura A Erica Mariosa, do blog Mindflow, o Roberto Takata, do blog Gene Reporter e o Professor Hyun Mo Yang, do Instituto de Matemática, Estatística e Ciências da Computação (IMECC) da UNICAMP.

    Para saber mais

    AAA INOVAÇÃO. Linha do Tempo do Coronavírus no Mundo [31/12/19 até 10/06/2020]. Acesso em 09/06/2020.

    BOFF, Thiago (2020) Passageiros e motoristas de linhas que podem ser suspensas afirmam que ônibus circulam lotados em Porto Alegre Gaúcha ZH, Porto Alegre, 26 de Maio de 2020. Acesso em 15/06/2020

    CRONOLOGIA DA PANDEMIA COVID-19. Wikipedia. Acesso em 09/06/2020.

    DIHL, Bibiana. Porto Alegre é a primeira cidade do país a ter decreto de emergência reconhecido pelo governo federal. Gaúcha ZH Porto Alegre, 02/04/2020. Acesso em 09/06/2020.

    GONZATO, Marcelo (2020). Porto Alegre tem a quarta menor incidência de coronavírus entre as capitais. Gaúcha ZH Saúde.

    HONG KONG. (2020a) Coronavirus  Acesso em 15/06/2020

    HONG KONG (2020b) Latest Situation of Novel Coronavirus infection in Hong Kong Acesso em 15/06/2020

    HONG KONG NÃO TÊM (2020) Hong Kong não tem novos casos de coronavírus pela 1ª vez em quase 2 meses. Valor Econômico. Acesso em 09/06/2020.

    LIMA, Lioman. (2020). Coronavírus: 5 estratégias de países que estão conseguindo conter o contágio. BBC Brasil, 18/03/2020. Acesso em 09/06/2020

    MINISTÉRIO DA SAÚDE (2020) Coronavírus Brasil. Acesso em 09/06/2020.

    MOTA, Renato. Países asiáticos voltam a ver seus números da Covid-19 crescerem. Olhar Digital, 07/04/2020. Acesso em 09/06/2020.

    PORTO ALEGRE. Secretaria de Saúde (2020a). Boletim COVID-19 nº 65/2020. Acesso em 09/06/2020.

    PORTO ALEGRE. Secretaria de Saúde (2020b). Boletim COVID-19 nº 78/2020. Acesso em 09/06/2020.

    PORTO ALEGRE. (2020c) Prefeitura prorroga decreto de isolamento social e libera mais alguns setores. Acesso em 09/06/2020.

    PORTO ALEGRE (2020d). Vigilância do novo coronavírus mobiliza área de saúde da Capital. Acesso em 15/06/2020

    PORTO ALEGRE (2020e). Saúde Municipal se mobiliza para vigilância do coronavírus

    PORTO ALEGRE (2020f). Boletim COVID-19 n.101/2020.

    Prado, Marcelo Freitas do, Antunes, Bianca Brandão de Paula, Bastos, Leonardo dos Santos Lourenço, Peres, Igor Tona, Silva, Amanda de Araújo Batista da, Dantas, Leila Figueiredo, Baião, Fernanda Araújo, Maçaira, Paula, Hamacher, Silvio, & Bozza, Fernando Augusto. (2020). Análise da subnotificação de COVID-19 no Brasil. Revista Brasileira de Terapia Intensiva, Epub June 24, 2020.https://doi.org/10.5935/0103-507x.20200030

    ROCHA, Camilo. (2020). Os estudos que mostram o impacto positivo do isolamento social.   Nexo Jornal, 21 de abr de 2020. Acesso em 09/06/2020.

    SORDI, Jaqueline (2020). Lupa na Ciência: Estudos mostram eficácia do isolamento social contra Covid-19 e projetam cenários. Agência Lupa, 20 de abril de 2020. Acesso em 09/06/2020.

    YUGE, Claudio. (2002). Países que já haviam controlado a COVID-19 confirmam a 2ª onda de infecções. Canal Tech, 06 de Abril de 2020. Acesso em 09/06/2020.

    WORLDOMETERS. Coronavírus. Acesso em 09/06/2020.

    ZUO, Mandy; CHENG, Lilian; YAN, Alice e YAU, Cannix. (2019). Hong Kong takes emergency measures as mystery ‘pneumonia’ infects dozens in China’s Wuhan city.South China Moorning Post,  31 dezembro de 2019. Acesso em 09/06/2020.

    Este post foi escrito para o Especial COVID-19

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    Os argumentos expressos nos posts deste especial são dos pesquisadores, produzidos a partir de seus campos de pesquisa científica e atuação profissional e foi revisado por pares da mesma área técnica-científica da Unicamp. Não, necessariamente, representam a visão da Unicamp. Essas opiniões não substituem conselhos médicos.


    editorial

  • Meu teste deu positivo. E agora? Entendendo a sensibilidade e a especificidade dos testes diagnósticos

    Os testes para diagnóstico de doenças são bons? São ruins? Funcionam? Vamos destrinchar um pouco sobre a teoria dos testes diagnósticos de uma forma mais intuitiva sem precisar de fórmulas. Vamos ver que os testes não são livres de erros. Vamos entender o que significa dizer que um teste tem 95% de sensibilidade… E, principalmente, por que isso não te conta a história toda!

    Esse post foi elaborado a partir da série de tweets escrita pelo Felipe Campelo*, com algumas pequenas alterações para se adequar melhor aqui no formato do blog!

    Antes de mais nada: o que explicamos aqui não tem nada a ver com a marca ou o tipo do teste (ao longo do texto você vai entender o porquê), mas sim com a matemática que está por trás do diagnóstico. Isso, porque os testes diagnósticos compreendem uma importante aplicação da teoria da probabilidade. Mas não precisa fugir – como falei antes, prometo que não vamos te pedir para decorar nenhuma fórmula! Vamos lá?

    Para começar a entender o que acontece quando você faz um teste para qualquer doença, vamos pensar que você só tem duas possibilidades: ou está doente, ou está saudável. O teste também só tem 2 possibilidades: ou é positivo, ou é negativo.

    Vamos desenhar para ficar mais fácil!

    Essas duas variáveis resultam em 4 possibilidades:

    – Você está doente e o teste é positivo: verdadeiro positivo (VP).

    – Você está saudável e o teste é negativo: verdadeiro negativo (VN).

    – Você está saudável e o teste é positivo: falso positivo (FP).

    – Você está doente e o teste é negativo: falso negativo (FN).

    Se olharmos para os totais de cada linha e cada coluna, vemos que:

    – as colunas nos dizem quanta gente está doente (ND) ou saudável (NS).

    – as linhas dizem quanta gente testa positivo (N+) ou testa negativo (N-).

    – o último quadro da diagonal nos indica o número total de pessoas na população (N).

    A sensibilidade e a especificidade de um teste dizem respeito às colunas:

    A Sensibilidade do teste é a proporção entre o número de doentes que o teste consegue detectar (VP) e o número total de doentes (ND). Em outras palavras, é a probabilidade de o teste ser positivo para uma pessoa doente: P(Teste+|doente).

    A Especificidade informa qual a proporção entre o número de pessoas saudáveis que o teste detecta como “negativas” (VN) e o número total de pessoas saudável (NS). Em outras palavras, é a probabilidade de o teste ser negativo para uma pessoa saudável: P(Teste-|saudável).

    Até aqui tudo bem, mas tem um probleminha: o que eu quero saber não é a chance do teste dar positivo caso eu esteja doente – o que eu quero saber de verdade é: Se o meu teste deu positivo (N+), qual a chance de eu estar realmente doente (VP)? [é inclusive o nome desse post!] E essas duas coisas normalmente são diferentes. Essa outra coisa que eu normalmente quero saber também tem um nome bonitinho: precisão, que a gente descobre olhando para as linhas do nosso quadro.

    A Precisão (ou valor preditivo positivo) é a relação entre a quantidade de pessoas doentes que testaram positivo (VP) e o número total de testes positivos (N+). Em outras palavras, é a probabilidade de você estar doente, dado que o teste deu positivo: P(Doente|Teste+)

    E é aqui que entra o probleminha que eu mencionei acima. O quadro faz parecer que é muito simples calcular a precisão. E até que é, desde que você tenha uma ideia do quão prevalente a doença é na população. A Prevalência nos indica qual é o porcentual de pessoas que realmente estão doentes (ND) na população (N).

    Vamos imaginar, por exemplo, que a tenhamos um teste de 95% de sensibilidade (95% de chance de dar positivo se você estiver doente) e 95% de especificidade (95% de chance de dar negativo se você estiver saudável). Como podemos fazer para calcular qual a precisão do teste?

    Como falamos ali em cima, precisamos saber da prevalência da doença. Aqui, neste exemplo, vamos estipular que a taxa-base doença seja de 1%, ou seja, a doença afeta 1% da população (100 em cada 10.000). Agora fica bem fácil usar a sensibilidade e especificidade do teste para calcular os testes positivos e negativos em cada coluna. Vamos lá!?

    Repara direitinho nos valores da tabela… É aí que vem a coisa curiosa!

    Embora esse teste de faz-de-conta tenha 95% de sensibilidade e de especificidade, a maioria das pessoas que testa positivo seria de falsos positivos (495), simplesmente porque teria muito mais gente saudável do que doente.

    Além disso, a precisão, nesse caso hipotético, seria de só 16,1% – em outras palavras: você teria chance de 16,1% de estar doente caso seu teste dê positivo!

    Assim, se o teste dá positivo, a sua chance de estar realmente doente ainda seria relativamente baixa, embora seja 16 vezes maior do que a taxa-base da população (que é de 1%).

    É um pouco, confuso… mas é assim mesmo quando vemos isso pela primeira vez. Se precisar, dê mais uma olhadinha antes de prosseguir para olhar a próxima tabelinha!

    Aqui, vamos usar dados mais realistas (ainda que antigos)! Vamos considerar um teste para COVID com especificidade de 99% (mais comum) e para a prevalência da doença, vamos utilizar 10,6% (a estimativa de COVID em Manaus no relatório do Imperial College do dia 08/05). Considerando esses dados, a fazendo as contas igual fizemos ali em cima, temos a precisão do teste seria de 91,8%.

    Agora, para efeitos de comparação, se considerássemos esse mesmo teste, mas com a prevalência estimativa para São Paulo na mesma data teríamos: Prevalência de 3,3%, Sensibilidade de 95% e Especificidade de 99%. Fazendo os cálculos, a Precisão seria de 76,6%.

    Bom… Isso quer dizer que se a prevalência for baixa e você testar positivo pode sair por aí felizão? NÃO!

    Quando fizemos esses cálculos, dessa forma, estamos considerando que uma pessoa aleatória fazendo o teste. Porém, geralmente quando você é testado, você provavelmente tem ou teve sintomas (ou morreu de causa suspeita), ou entrou em contato com alguém que teve COVID. Isso tudo impacta no cálculo e deve ser levado em consideração. Por exemplo, a prevalência entre pessoas com sintomas é MUITO maior do que na população em geral.

    OUTROS PONTOS RELEVANTES !
    – A interpretação do resultado de um teste diagnóstico depende de qual parcela da população está sendo avaliada (é um indivíduo qualquer ou de um grupo de risco?).
    – Situações prévias (sejam subjetivas ou objetivas) influenciam o cálculo. Esse tipo de estatística que fizemos aqui, recebe o nome de cálculos bayesianos ou lógica bayesiana.
    – Os cálculos apresentados aqui servem para qualquer tipo de teste. Usamos exemplo da COVID por ser o que estamos passando no momento. Mas pode ser um teste de gravidez, um teste para detecção de HIV, etc.
    – Em Estatística chamamos os falsos positivos de erro tipo I, e os falsos negativo de erro tipo II.

    *Felipe Campelo é professor da Escola de Engenharia da UFMG (Departamento de Engenharia Elétrica) e trabalha com a integração entre modelagem estatística e otimização, e com aplicações de aprendizado de máquina para (entre outras coisas) priorização de alvos na investigação de exames e vacinas. Além disso, faz divulgação científica no Twitter.

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    BIBLIOGRAFIA

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    Os argumentos expressos nos posts deste especial são dos pesquisadores, produzidos a partir de seus campos de pesquisa científica e atuação profissional e foi revisado por pares da mesma área técnica-científica da Unicamp. Não, necessariamente, representam a visão da Unicamp. Essas opiniões não substituem conselhos médicos.


    editorial

  • Diagnóstico por RT-qPCR, o que é isso?

    Em tempos como os atuais, temos visto muitos termos técnicos específicos na mídia e em notas de instituições que falam tanto da doença COVID-19, quanto do SARs-Cov-2 (o novo Coronavírus), quanto de sintomas e testes de diagnósticos.

    Em meio a todas estas informações, embora nos habituemos a ver os termos, não necessariamente compreendemos do que se trata. Em especial sobre os diagnósticos da doença, temos visto que há mais de um tipo de teste possível de ser feito.

    A Força Tarefa da UNICAMP anunciou que fará o teste chamado RT-qPCR, o qual foi considerado o principal teste de COVID-19 pela Organização Mundial da Saúde. Este texto busca explicar um pouco melhor sobre este teste e, também, o motivo pelo qual ele é importante no diagnóstico da doença.

    Arte: HUB Campinas

    Por que a Organização Mundial de Saúde indica o RT-qPCR como o principal diagnóstico?

    O diagnóstico feito pela técnica RT-qPCR foi preconizado para se realizar o diagnóstico do COVID-19 em pacientes suspeitos por ser capaz de verificar a presença de até mesmo uma única cópia do material genético do vírus (como veremos em seguida) e, também ser uma técnica amplamente estabelecida dentro de laboratórios de biologia molecular ao redor do mundo. Isto é, por ser uma técnica que grande parte dos laboratórios do mundo inteiro já conhece o protocolo e que é usado de maneira usual em suas pesquisas.

    E o que significam estas siglas? O que é, afinal, uma PCR e uma RT-PCR? 

    Desde quando foi criada até os dias atuais, as técnicas de PCR têm sido usadas em uma grande gama de pesquisas científicas, desde estudos sobre expressão gênica a detecção de variações genéticas dentro de uma população. Vamos compreender um pouco mais das etapas desta técnica e porque ela é importante para a detecção do novo Coronavírus?

    A PCR é a sigla que significa, em português, Reação em Cadeia de Polimerase. É uma técnica de biologia molecular muito usada para analisar a presença ou ausência de um gene no DNA de um ser vivo. Polimerase é a enzima responsável, dentro das células, por catalisar a adição de novos nucleotídeos a uma cadeia de DNA ou RNA. Isto é, ela proporciona agilidade e eficácia na duplicação ou transcrição de moléculas de DNA ou RNA.

    Arte: HUB Campinas

    Ao usarmos a enzima polimerase em uma reação em cadeia, dentro de um ambiente controlado (tal como na técnica que estamos explicando), conseguimos “amplificar” o material genético de uma amostra coletada. Isto é, conseguimos multiplicar o número de material a partir de uma pequena quantidade de DNA ou RNA, e assim analisar a presença de trechos específicos – como a de vírus, por exemplo. 

    A técnica PCR acontece com a adição de várias moléculas diferentes, para desempenhar papéis definidos na identificação do material genético que queremos multiplicar. Para realizar a PCR, nós misturamos: uma enzima capaz de duplicar o DNA, resistente a altas temperaturas; bases nitrogenadas (os “tijolos” que formam o DNA); primers (pequenos moldes de RNA que grudam no começo do gene ou segmento gênico de interesse) e, por fim, o DNA do organismo que se quer analisar. Ao submetermos todos estes elementos a ciclos de altas e baixas temperaturas, somos capazes de multiplicar de forma exponencial a quantidade de cópias daquele pedaço de DNA que temos interesse.

    No caso de um teste diagnóstico, ao se aplicar esta técnica, saberemos se existe o DNA do organismo (vírus) que estamos tentando detectar, após executar outra técnica chamada eletroforese em gel de agarose/poliacrilamida, que permite a visualização dos trechos de material genético que foram multiplicados. Isto é, se a pessoa está infectada, o DNA em questão será amplificado e o diagnóstico será positivo (mas ainda não é deste protocolo que se trata o diagnóstico do Coronavírus! Calma que chegaremos lá!).

    O DNA e o RNA possuem pequenas diferenças, quimicamente. O SARs-CoV-2, que é o material que queremos analisar em nossas amostras, é um vírus cujo material genético é uma molécula de RNA. E isto faz diferença no protocolo que temos que estabelecer… Para isso, usamos a técnica RT-PCR, que é a Reação em Cadeia de Polimerase de Transcrição Reversa.

    A grande diferença da PCR para a RT-PCR é que antes de fazermos todo o processo dito acima, nós pegamos o RNA do vírus e convertemos em um DNA complementar a ele mesmo, o chamado cDNA, (um processo que ficou famoso quando o HIV começou a ser estudado) e adicionamos esse cDNA a reação, no lugar do DNA genômico do organismo.

    E, por fim, qual a diferença para o RT-PCR quantitativo (RT-qPCR)?

    Geralmente as RT-PCR estão associadas a PCR quantitativa. Este processo nos permite saber quanto um gene ou o material genético de um vírus ou patógeno dentro da célula está sendo produzido.

    Nesse modelo, um fluoróforo (uma molécula capaz de emitir luz) é preso a uma sonda que se liga ao gene ou pedaço de DNA de interesse. Enquanto essa molécula fluorescente estiver ligada a essa sonda, a sua luz não é emitida, mas uma vez que ela é solta, a molécula começa a emitir fluorescência.

    Arte: HUB Campinas

    Quando a enzima responsável por duplicar o DNA chega a esse segmento onde a sonda está ligado, ela corta-a, liberando o fluoróforo, que dessa forma começa a emitir luz(2). A partir de um sensor na máquina onde está acontecendo essa reação, somos capazes de captar a luz emitida pelo fluoróforo a cada ciclo de duplicação do DNA, e por fim, quantificar sua expressão.

    Arte: HUB Campinas

    No começo da reação, há poucas cópias do DNA de interesse, e dessa forma a fluorescência emitida é pouca, mas com o passar dos ciclos, onde 2 cópias se tornam 4, 8, 16, e assim por diante de forma exponencial, a quantidade de luz emitida cresce também de forma exponencial e somos capaz de contar a quantidade inicial de moléculas que tínhamos no começo. 

    Quais as etapas para realizar o diagnóstico da COVID-19?

    Arte: HUB Campinas

    A Força Tarefa da Unicamp realizará testes diagnósticos que incluem 5 etapas:

    1. Coleta do material dos pacientes (células da mucosa da boca e do nariz), 
    2. Extração do RNA viral da amostra do paciente
    3. Conversão em DNA complementar (cDNA) ao RNA
    4. Duplicação exponencial do cDNA por RT-qPCR
    5. Análise do resultado por especialista para o diagnóstico

    Todo este processo demora algumas horas, normalmente. No entanto, estamos vivendo um período atribulado, com muitos testes sendo solicitados simultaneamente. Por enquanto, a FT-Unicamp têm a previsão de disponibilizar o resultado dos testes entre 24 e 48 horas. Mas este tempo pode aumentar dependendo da demanda que tivermos durante toda a pandemia.

    Direção de arte desta postagem:
    Anatália Oliveira Santos – Diretora de arte do HUB Campinas

    Texto feito para a Força Tarefa da Unicamp

    Nossos sites institucionais:

    Força Tarefa da Unicamp

    Unicamp – Coronavírus

    Para saber mais:

    Organização Mundial de Saúde. (2020). Coronavirus disease (COVID-19) technical guidance: Laboratory testing for 2019-nCoV in humans

    Arya, M., Shergill, I. S., Williamson, M., Gommersall, L., Arya, N., & Patel, H. R.

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    Os argumentos expressos nos posts deste especial são dos pesquisadores, produzidos a partir de seus campos de pesquisa científica e atuação profissional e foi revisado por pares da mesma área técnica-científica da Unicamp.
    Não, necessariamente, representam a visão da Unicamp. Essas opiniões não substituem conselhos médicos.


    editorial

    (2005). Basic principles of real-time quantitative PCR. Expert review of molecular diagnostics, 5(2), 209-219.

  • Covid-19, SRAG e quantidade de testes diagnósticos no Brasil

    Temos visto muitas discussões sobre a reabertura do comércio em várias cidades que tinham optado pelo distanciamento social. Também tem aparecido dados de que a previsão que tínhamos de sobrecarga hospitalar não se efetivou (pelo efeito do distanciamento social, mesmo que parcial). 

    No post de hoje, vamos falar sobre alguns dados do Ministério da Saúde, de casos confirmados e óbitos por COVID-19 e, também, um outro registro que têm despontado – muito embora tenha sido pouco discutido – que deveria ser levado em consideração ao pensarmos nas ações individuais e coletivas para este momento em que vivemos…

    Então, antes de nos animarmos e sairmos (literalmente) comemorando os dados, é importante compreender um pouco sobre o que tem sido noticiado e alguns dados oficiais para pensarmos se já é hora de deixarmos o isolamento de lado ou, pelo contrário, se não seria hora de buscarmos medidas mais severas de isolamento para evitar que a sobrecarga chegue logo ali ao dobrar a esquina.

    Os dados do dia 21 de abril indicavam que no Brasil tínhamos 43.079 casos de COVID-19 confirmados, com 2.741 mortos confirmados. As projeções, no entanto,  se mostravam muito mais assustadoras. Para se ter uma ideia, em São Paulo por exemplo, o governo anunciou no dia 12 de março a projeção de 1% da população infectada em alguns poucos meses (cerca de 460 mil pessoas) em um cenário otimista, chegando a 10% da população do estado infectada em uma projeção pessimista (4,6 milhões de pessoas). Hoje, dia 21 de abril, temos a confirmação, no Estado de São Paulo, de 14.580 casos e 1037 óbitos.

    Então, será que podemos dizer que tudo anda bem?

    Vários estudos nos mostram muitos cenários possíveis para compreender os dados confirmados que temos sobre a COVID-19 e a infecção pelo novo Coronavírus (SARS-CoV-2). Primeiro, é fundamental lembrar que o Brasil tem a marca de uma das menores quantidades de testes para a confirmação ou não da  infecção pelo novo coronavírus por número de habitantes, no mundo. Comparado com dados de países como Itália, esse número é irrisório, pois lá tem-se 27,164 testes para cada 1 milhão de habitantes, segundo a Worldometers

    Também precisamos registrar aqui que os testes estão sendo feitos em doentes que apresentam sintomas mais severos. Isso O que não pode ser considerado uma “testagem maciça da população” , tal como preconizado pela OMS para direcionar políticas mais seguras no país.

    Tendo dito isso, como podemos analisar qual a quantidade de pessoas infectadas e óbitos em nosso país e região de fato? Existem alguns dados que nos ajudam a ver isto. 

    O Ministério da Saúde publica rotineiramente Boletins Epidemiológicos, que são documentos públicos técnico-científicos periódicos (mensais e semanais), de doenças variadas, para controle e monitoramento. Pois bem, o BE13 – Boletim COE Coronavírus, publicado no dia 20 de abril, Semana Epidemiológica 17 (19-25/04/2020), apresenta a situação epidemiológica dessa infecção no mundo e, também, no Brasil.

    Ao analisarmos este boletim, vemos que além dos casos de COVID-19, há outros dados que nos ajudam a perceber monitoramentos de outras patologias que que têm relação com os sintomas causados pelo novo Coronavírus (SARS-CoV-2).

    Os coronavírus causam infecções respiratórias, também chamadas Síndromes Gripais e em casos mais graves Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG). A Síndrome Gripal se caracteriza por: febre, tosse e/ou dor de garganta e ao menos um dos seguintes sintomas: mialgia, cefaléia, artralgia, dispnéia conjuntivite, mal estar geral e perda do apetite. Já a Síndrome Respiratória Aguda Grave, além dos sintomas anteriormente citados, apresenta-se também dispnéia ou saturação de oxigênio menor que 95% em ar ambiente ou sinais de desconforto respiratório.

    Ambas as síndromes podem ter causas diversas, incluindo uma variedade de vírus Influenza, conhecido como vírus da gripe. Em humanos, tivemos a epidemia da SARS em 2003 m Hong Kong (China), cuja letalidade atingiu a marca de 10% e, também, a síndrome respiratória do Oriente Médio (MERS), que ocorreu na Arábia Saudita em 2012, com uma letalidade de 30%. 

    E por que é importante entender isto para debatermos os casos de COVID-19?

    Voltando ao BE 13 – Boletim COE Coronavírus, na página 14 há um gráfico que mostra os registros de casos e óbitos por Síndrome Respiratória Aguda Grave, comparativamente em 2019 e em 2020. A imagem abaixo foi retirada na íntegra do Boletim BE 13, citado anteriormente (página 14).

    Fonte: Ministério da Saúde, Centro de Operações de Emergência em Saúde Pública, Boletim Epidemiológico 02.

    Ao somarmos a quantidade de casos de SRAG, de cada uma das 16 primeiras Semanas Epidemiológicas de 2019, observamos 12.017 casos de internação por SRAG. Neste mesmo período de 2020, foram registradas 55.980 internações com este diagnóstico. Deste total de casos de 2020, 8.318 (15%) foram de casos confirmados para COVID-19 e outros 42.817 estão em investigação (77%).

    Até a Semana Epidemiológica 49 de 2019, foram notificados 39.190 casos de SRAG, com 4.939 óbitos, sendo diferentes vírus Influenza (vírus da gripe) os principais responsáveis pelas internações e óbitos.

    O que estes dados nos dizem?

    O Ministério da Saúde indica um aumento de 366% de internações por SRAG. Do total de internações, 77% ainda não apresentam um resultado conclusivo sobre suas causas. Se considerarmos um cenário pessimista ao olhar este número, em que todos estas internações fossem confirmadas para COVID-19, praticamente dobraríamos a quantidade de casos confirmados no país.
    No entanto, sabemos que até a liberação desses dados os testes estão sendo feitos apenas em casos suspeitos que apresentam severidade de sintomas. A maioria das pessoas infectadas pelo novo coronavírus apresenta apenas sintomas brandos, ou até mesmo não apresentam sintomas (assintomáticos). E isto não seria um problema, a princípio! Afinal, não parece ruim que um vírus que nos infecte não cause danos a grande parte da população, não é mesmo? A questão, portanto, é: estas pessoas que não desenvolvem a doença com sintomas graves são infecciosas. Isto é: contagiam outras pessoas, mesmo não adoecendo gravemente da COVID-19. 

    Os testes diagnósticos não são importantes somente para termos noção se nós fomos infectados, individualmente. Mais do que isto, são uma ferramenta fundamental para gerar políticas públicas que embasem como agiremos no país, regiões, estados, municípios e bairros. Ao termos grande parte das infecções por SARS-CoV-2 não documentadas, acabamos por não reconhecer a dimensão do problema e um cenário fiel do espalhamento do vírus, o que pode levar a uma exposição ainda maior da população à doença.

    Em um estudo sobre a infecção não documentada de COVID-19 em Wuhan (China), apresenta dados que indicam que o isolamento destes casos é a medida mais eficaz para contenção da doença. É importante ressaltar aqui que o conceito de não documentados difere de assintomáticos. Isto é: infectados não documentados são aqueles sintomáticos ou assintomáticos que não foram testados e, portanto, não entram nas estatísticas mais precisas para o monitoramento da doença e seu contágio.

    Considerando que os sintomas (mesmo os mais brandos), aparecem em média no 5º dia após a infecção (mesmo os mais brandos), mas que há registros de estarmos na fase infecciosa de forma pré-sintomática (ou seja: contaminamos outras pessoas, mesmo antes dos primeiros sintomas aparecerem), não há como prever quem foi contaminado e quando essa contaminação aconteceu enquanto não minimizarmos o contato social – próximo (amigos e parentes) ou não (espaços de trabalho e comércio não essencial, por exemplo). 

    Estas análises citadas nos mostram que diferentes estratégias provavelmente foram responsáveis pela alteração das características epidemiológicas após o surto de 23 de janeiro, na China. Quais medidas? Inicialmente, aquilo que têm sido apontado em qualquer caso relacionado à COVID-19: medidas de restrição de circulação interna nas cidades com grande quantidade de casos confirmados e externa entre as cidades (o que chamamos de bloqueio total ou lockdown). Além disso, e que é o foco de debate aqui neste post de hoje, o aumento de casos diagnosticados (aumento de testes na população, saindo da estatística de “não documentados” para “confirmados”). Estes dados também são corroborados por outra pesquisa, também usando como modelo a COVID-19 na China. 

    Ao observar os dados da transmissão na China e todo o cenário brasileiro – que inclui aparentemente uma enorme quantidade de dados não documentados, pode parecer repetitivo o que seguimos afirmando, embora essencial. A letalidade da COVID-19, embora seja menor do que grande parte de outras doenças que acometem nossa sociedade, nos acarreta problemáticas que se vinculam à quantidade de pessoas infectadas. Isto é, um número aparentemente baixo, representando letalidade (2% ou menos dos casos infectados, ao que vários estudos vêm indicando), representam muitas pessoas no mundo inteiro quando percebemos que temos 2.831.513 de pessoas infectadas (casos confirmados no mundo inteiro, no dia 24 de abril de 2020).

    Todavia, temos também outra questão importantíssima: a quantidade de pessoas infectadas ao mesmo tempo e que precisam de internações e cuidados intensivos ao mesmo tempo. É exatamente por se alastrar muito, rapidamente e muito facilmente, que esta doença tem sido central em como vivemos os últimos meses e como viveremos nos próximos meses. Ter uma dimensão exata do número de infectados é, portanto, fundamental para sabermos os próximos passos de como vamos agir em nosso país/estado/município/bairro. 

    Projeções e estimativas

    Há alguns estudos que buscam realizar uma estimativa mais precisa do número de infectados no Brasil. Um grupo de pesquisadores da USP elaborou uma análise para avaliar a subnotificação, a partir de modelos epidemiológicos da COVID-19 em diferentes países (em que os testes diagnósticos foram realizados em uma proporção da população muito maior) e chegaram no valor de 93,45% de subnotificação, no dia 11 de Abril, Isto equivaleria dizer que tínhamos cerca de 313 mil pessoas infectadas com o coronavírus (repetindo: dia 11 de abril). Vocês podem conferir a projeção deste estudo aqui.

    Tomando como base estes dados todos elencados acima, considerando o número de óbitos da COVID-19, mas também as mortes por SRAG que não foram investigadas, há muito o que se pensar sobre a subnotificação e seu impacto em uma aparente “tranquilidade” na transmissão da doença, que provavelmente não condiz com o cenário real no Brasil.

    “Em suma”: o que tudo isto nos indica?

    Tem sido discutida a possibilidade relaxamento nas medidas de distanciamento social hoje adotadas por alguns municípios, de forma controlada. Não debateremos aqui, hoje, sobre a questão da economia – o que já foi apresentado em uma postagem específica no especial. Mas tendo em vista as pesquisas apresentadas e os dados brasileiros, com a possível subnotificação sem que haja uma discussão mais ampla publicamente, talvez seja muito cedo para pensarmos em um afrouxamento do distanciamento social e espacial…

    Em um próximo post (em breve), discutiremos de modo mais específico sobre o isolamento, no Brasil e em outros países do mundo…  

    Para saber mais:

    BRASIL. MINISTÉRIO DA SAÚDE. (2013) Síndrome Gripal/Síndrome Respiratória Aguda Grave. Classificação de Risco e Manejo do Paciente.

    BRASIL. MINISTÉRIO DA SAÚDE. CENTRO DE OPERAÇÕES DE EMERGÊNCIA EM SAÚDE PÚBLICA (COE). (2020). BE 13 – Boletim COE Coronavírus.

    BRASIL. MINISTÉRIO DA SAÚDE. SECRETARIA DE VIGILÂNCIA EM SAÚDE (2019). Boletim Epidemiológico 38. Influenza: Monitoramento até a Semana Epidemiológica 49 de 2019.

    GODOY. D. (2020). Brasil é o segundo país com mais pacientes graves do novo coronavírus. Revista Exame, 21 de abril de 2020.

    LANA, R.M.; COELHO, F.C.; GOMES, M.F.da C.; CRUZ, O.G.; BASTOS, L.S.; VILLELA, D.A.M.; CODEÇO, C.T. (2020) Emergência do novo coronavírus (SARS-CoV-2) e o papel de uma vigilância nacional em saúde oportuna e efetiva. Cad. Saúde Pública [online]. vol.36, n.3.

    PARANÁ. SECRETARIA DE SAÚDE. (s/d). Fluxograma de Síndrome Respiratória Aguda Grave.

    ROCHA, C. (2020). A dificuldade do Brasil de aplicar testes em massa na pandemia. Nexo Jornal, 10 de abr de 2020.

    TIAN, H; LIU, Y; LI, Y; WU, C-H; CHEN, B; KRAEMER, M.U.G; LI, B; CAI, J; SU, B; YANG, Q; WANG, B; YANG, P; CUI, Y; SONG, Y; ZHENG, P; WANG, Q; BJORNSTAD, ON; YANG, R; GRENFELL, B.T; PYBYS, O.G; DYE, C. (2020). An investigation of transmission control measures during the first 50 days of the COVID-19 epidemic in China. Science, 31 de Março. DOI: 10.1126/science.abb6105

    YANG, P., WANG, X. (2020). COVID-19: a new challenge for human beings. Cell Mol Immunol. https://doi.org/10.1038/s41423-020-0407-x

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    Os argumentos expressos nos posts deste especial são dos pesquisadores, produzidos a partir de seus campos de pesquisa científica e atuação profissional e foi revisado por pares da mesma área técnica-científica da Unicamp.
    Não, necessariamente, representam a visão da Unicamp. Essas opiniões não substituem conselhos médicos.


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  • Como se detecta o coronavírus?

    A necessidade da realização de testes para o COVID-19 foi identificada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) [1] devido a crescente pandemia mundial. Os testes a fim de detectar a presença do coronavírus (SARS-COV-2) são importantes, pois ajudam a mapear os epicentros virais de contaminação e, dessa forma, auxiliam na melhor escolha da estratégia de contenção do espalhamento do coronavírus. A detecção rápida e precisa do COVID-2019 é crucial no controle do surto.

    Tipos de testes para o Covid-19

    Basicamente, dois tipos de testes são realizados para diagnosticar a COVID-2019: um teste sorológico e um teste molecular denominado Reação em Cadeia da Polimerase — Transcriptase Reversa (RT-PCR).  [1]

    Teste sorológico

    Os testes sorológicos são teste rápidos capazes de identificar anticorpos em amostras de sangue ou saliva. Ou seja, eles não identificam diretamente o coronavírus. Eles detectam a resposta imunológica natural do nosso corpo que acontece na forma de anticorpos devido a presença do vírus. 

    testeCORONAVIRUS

    Teste molecular RT – PCR

    O teste molecular RT-PCR (Transcrição Reversa seguida de Reação em Cadeia da Polimerase) faz a detecção direta do material genético do coronavírus em amostra de secreção respiratória. O RT-PCR é capaz de detectar o vírus até mesmo em portador viral assintomático. Embora, esse teste seja recomendado para pessoas que possuam sintomas da Covid-19, com duração entre 3 e 7 dias.  

    Os testes de anticorpos também conhecidos como testes de sorologia não foram feitos para diagnosticar a infecção ativa pelo coronavírus.  Em vez disso, eles verificam se há proteínas no sistema imunológico, conhecidas como anticorpos. Sua presença significa que a pessoa foi exposta ao vírus e, por essa razão desenvolveu anticorpos a fim de combatê-lo. O que pode significar que a pessoa tem pelo menos alguma taxa de imunidade, embora os especialistas ainda não tenham certeza de quão forte a imunidade possa ser ou até quanto tempo ela durará. 

    Por outro lado, os testes para diagnóstico de COVID-19, até agora, usaram principalmente a técnica de laboratório conhecida como teste RT-PCR. Esse teste pode diagnosticar infecções ativas através de amostras de mucosas da boca ou nariz. Esse teste verifica a presença ou ausência do RNA do coronavírus. Por isso, é o teste de diagnóstico mais indicado para saber se há contaminação do SARS-COV-2. Para obter detalhes sobre o teste molecular RT-PCR do coronavírus, por favor, assista ao vídeo “Como detectar o coronavírus?”. 

    Por que usar RT-PCR em tempo real para detectar o coronavírus?

    A técnica de RT-PCR em tempo real é altamente sensível e específica [2] e, pode fornecer um diagnóstico confiável em apenas quatro horas. Embora, geralmente os laboratórios demorem em média entre 6 a 8 horas. Comparado a outros métodos de isolamento de vírus disponíveis, o RT-PCR em tempo real é significativamente mais rápido e tem um potencial menor de contaminação ou erros, pois todo o processo pode ser realizado em um tubo fechado. 

    Para detectar infecções passadas, o que também é importante para entender o desenvolvimento e a disseminação do vírus, o RT-PCR em tempo real não pode ser usado, pois os vírus estão presentes apenas no corpo por uma janela específica de tempo. Portanto, os testes de RT-PCR em tempo real não podem dizer se você já teve COVID-19 no passado; o teste foi projetado apenas para detectar a infecção viral em andamento.

    Textos do Especial sobre testes:

    Diagnósticos por RT-cPRC: o que é isso?

    Referências Bibliográficas

    1. Wang, Yishan, Hanyujie Kang, Xuefeng Liu, and Zhaohui Tong. “Combination of RT‐qPCR Testing and Clinical Features for Diagnosis of COVID‐19 Facilitates Management of SARS‐CoV‐2 Outbreak.” Journal of Medical Virology 92, 6, 538–39, 2020. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jmv.25721
    2. “Polimerase Em Tempo Real e Métodos Para a Quantificação Do DNA.” Portal Educação, 2020. https://siteantigo.portaleducacao.com.br/conteudo/artigos/medicina/polimerase-em-tempo-real-e-metodos-para-a-quantificacao-do-dna/33826

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  • Pandemia COVID-19: potencial da Microfluídica como ferramenta para diagnósticos rápidos

    O COVID-19 agora é anunciado como pandemia pela Organização Mundial da Saúde (OMS), fazendo com que muitos países declarem estado de emergência e encerrem lugares públicos. As ferramentas de diagnóstico podem desempenhar um papel fundamental na redução da taxa de disseminação e no controle do vírus. A microfluídica tem o potencial de oferecer ferramentas de diagnóstico de ponto de atendimento rápidas e acessíveis para ajudar nessa condição. Mas primeiro, vamos dar uma olhada nos recursos desse vírus

     O que são coronavírus e COVID-19?

    Os coronavírus são uma família de vírus que podem causar doenças em humanos e animais. Essa família de vírus é chamada corona, pois parece uma coroa sob o microscópio. Os coronavírus podem causar infecções no sistema respiratório em humanos. Dois dos membros conhecidos desta família podem levar à Síndrome Respiratória do Oriente Médio (MERS) ou à Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS). O membro mais recente dessa família causa a Doença do Vírus Corona, também conhecida como COVID-19.

    Como é diagnosticado o COVID-19?

    De acordo com as diretrizes dos Centros de Controle e Prevenção de Doenças (CDC), os clínicos com base nos sinais e sintomas, epidemiologia e histórico de viagens dos pacientes são incentivados a coletar amostras, incluindo uma amostra de saliva, entre outras, para enviar a um laboratório para testes. O teste inclui uma reação em cadeia da polimerase com transcrição reversa (RT-PCR) da amostra e atualmente pode levar alguns dias para ser concluída.

    Por que é importante ter um método de diagnóstico rápido?

    A detecção rápida é de importância crucial em uma pandemia. Milhares de novos casos estão sendo testados todos os dias, o que sobrecarrega os laboratórios. A detecção rápida pode reduzir o número de visitas desnecessárias às clínicas de saúde e ajudará o setor de saúde a salvar vidas, tratando os pacientes com resultados positivos. Além disso, reduz o risco de espalhar o vírus enquanto se aguarda os resultados ou é incerto sobre suas condições. Atualmente, existem testes rápidos disponíveis para alguns vírus que podem levar a um resultado em 30 minutos. Testes semelhantes podem aliviar a carga dos laboratórios e clínicas de saúde, se disponíveis para o COVID-19.

    Como a tecnologia microfluídica pode ajudar na pandemia de COVID-19?

    Como mencionado acima, uma ferramenta de diagnóstico rápido é de suma importância no momento de uma pandemia. É importante notar que pode levar até duas semanas a partir do momento da infecção para que os sintomas sejam observáveis. Isso dá a uma pessoa potencialmente infectada tempo suficiente para espalhar o vírus para 2,2 outras pessoas em média. Para isso, também devemos adicionar o tempo que o laboratório leva para gerar os resultados e devolvê-lo ao paciente e aos hospitais. Um dispositivo de diagnóstico de ponto de atendimento desejável para o COVID-19 deve ter os seguintes recursos:

    • Retorno rápido da amostra para o resultado;
    • Limite de detecção clinicamente relevante;
    • Acessibilidade

    A tecnologia microfluídica é adequada para diagnósticos no local de atendimento. A microfluídica está associada ao manuseio de uma pequena quantidade de fluido em canais e câmaras em escala de mícrons. Essas características, juntamente com as altas relações superfície/volume, permitem que os pesquisadores manuseiem menores quantidade de amostras e reagentes com maior eficiência e gerem resultados mais rapidamente do que os métodos convencionais.

    Os chips de PCR microfluídicos que foram extensivamente desenvolvidos para a detecção de patógenos como vírus ou bactérias, poderiam oferecer uma solução viável aqui, porque, se projetados adequadamente, eles podem se aproximar de um fluxo de trabalho tradicional de laboratório em RT-PCR. Além disso, eles exigem menos volume de reagentes que, por sua vez, reduzem o custo. O custo é crucial neste estágio, pois o vírus está se espalhando pelo mundo e acaba de começar a afetar os países em desenvolvimento com menos recursos disponíveis. A indisponibilidade de ferramentas de diagnóstico acessíveis pode acelerar a disseminação do vírus que estressa os sistemas de saúde.

    Em suma, a pandemia do COVID-19 nos lembra a importância de uma ferramenta de diagnóstico rápida e confiável no ponto de atendimento. A disseminação do vírus poderia diminuir se tivéssemos essas ferramentas em mãos para testes rápidos do vírus. Também poderia diminuir as visitas aos hospitais e a carga de trabalho dos laboratórios, resultando em mais espaço e melhor tratamento para os pacientes e salvando mais vidas. 

    A microfluídica tem potencial para ser usada como uma ferramenta de diagnóstico neste contexto. Ainda estamos nos primeiros estágios dessa pandemia e podemos ter outras pandemias nos ameaçando no futuro. Portanto, temos que usar todo o nosso potencial tecnológico e científico para derrotar esses casos. Biomédicos e pesquisadores são altamente incentivados a examinar os potenciais da tecnologia microfluídica a esse respeito.

    Fonte: uFluidix

    Referências: 


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    Currículo Lattes de Harrson S. Santana

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    Os argumentos expressos nos posts deste especial são dos pesquisadores, produzidos a partir de seus campos de pesquisa científica e atuação profissional e foi revisado por pares da mesma área técnica-científica da Unicamp. Não, necessariamente, representam a visão da Unicamp. Essas opiniões não substituem conselhos médicos.

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